銀河在遺跡解開了封印後，得到了銀河天馬，而之後正在學習如何掌握銀河天馬。後來在銀河面前出現了一個自稱是世界第一最強陀螺手的角谷正宗，初時他不斷向銀河挑戰。之後他便使出了真正實力將銀河天馬打敗。而其後銀河便與正宗、遊和翼代表日本前往世界各地參加世界盃大賽，挑戰來自世界各地的陀螺高手。

家里经营体育用品店的主人公・树多村光，与棒球用具店兼茶屋「三叶草」的月岛四姐妹是青梅竹马。顾家的长女・一叶，光最好的朋友・若叶，和光性格不合的三女・青叶，还有，活泼的四女・红叶。 小学5年级的夏季，若叶与光约定好去夏祭。但是，在约定的时间来临之前，若叶却因为事故而去世。本来应该两人一起去的夏祭，现在只剩下光孤独的一个人…… 成为了高中生的光，以若叶最后的梦想「甲子园」为目标，作为星秀学院棒球部的王牌而奋斗着。然后，从青叶也作为选手加入棒球部的那一刻起，命运的齿轮开始转动了……

银河是个对手越强就越有斗志的热血陀螺手。 他非常喜欢陀螺对战，以更强为目标，寻求强敌进行武者修行的他 一天与京谷率领的邪恶组织首狩団（Face Hunters）进行了一场1对100鲁莽的陀螺对战。 因为这个机会而认识银河的健太，对银河像哥哥一样敬仰。 虽然银河认为健太的实力还有所欠缺 但是通过陀螺战斗中真挚的配合产生了好感，并开始共同行动 战斗胜负未揭晓之前保持一颗绝不放弃的强烈的心， 战斗以外时刻为朋友着想， 随处都可以看到银河的身影 与新的对手相遇、相识以及分别…… 在各种各样的战斗中成长。

本作描写了北神未海的高中生活。未海是个完美主义的班长，单恋同班同学东条潮，不过周遭的阻碍让她无法顺利告白。另一方面，她在忙于自己的事情的同时，也能给别人提供堪称完美的建议，并解决他们的烦恼。

故事背景发生在不久的将来，那时超能力者的存在成为理所当然的事情，然而他们与普通人的隔阂却未完全消失，年轻的天才科学家皆本光一，肩负起照顾拥有最强超能力的三名少女，明石熏、三宫紫穗、野上葵，她们不分日夜，在内务省特务机关的超能力支援研究局（通称BABEL）旗下从事着危险任务。皆本光一的任务就是引导她们走向正途，成为对社会有用的人才。但面对这三个超级早熟又任性的女孩，皆本每天都烦恼不已。

      3年目にあたる第103話から最終話（第153話）はキャラクターデザインが大幅に変更され、3DCGを使った作画となった。また、キャラクター設定やスタッフが大きく入れ替わったため、番組内では『きらりん☆レボリューション STAGE3』というタイトルに変更された。ただし、関連商品は従来のタイトルのままである（回想シーンなどは2Dの時のものがそのまま使われることもある）同時にハイビジョン制作となり、デジタル放送でのアスペクト比が16:9に拡大された。なお、アナログ放送ではサイドカットをして4:3のまま、CS放送ではレターボックスで放映されている。音響面では、SHIPSの声優が変更されたほか、劇中BGMも一新されている。背景画には、テレコム・アニメーションフィルムの元美術監督をスーパーバイザーとして招いている。

     月岛希良梨是一位对感情一窍不通14岁的中学二年级生，有一天希良梨与人气偶像团体‘SHIPS’的日渡星司意外相遇并对他一见钟情。为了想接近星司而一心一意地想成为偶像的希良梨做出属于自己的偶像宣言。虽然最初觉得很不容易，但得到大家的支持而努力下去。后因工作不断增加的关系，转校到艺能学校，并认识更多朋友和劲敌。但在日后的工作相处之下，面对SHIPS另一成员风真宙人的帮助，竟发现自己也好像喜欢上了宙人。弄不清楚到底喜欢谁的希良梨，在矛盾的心情下又该如何判断自己的心意呢?面对了不同的相遇和离别的她又能不能成为NO.1旳偶像?

      露西亚，来自北太平洋的美人鱼公主，登陆寻找她七年前由海中拯救的男孩，当时这位男孩溺水了，她用粉红色的真珠救了他一命，并且把她最珍贵的粉红色珍珠交给那位男孩。七年后她为了继承一事来到了陆地去寻找以前的男孩要回真珠，最终找到了那个男孩，名叫堂本海斗，但是化身成人形的露西亚，名叫七海露西亚的女孩，与她的人鱼型态并不相似；她也不能告诉海斗她真正的身份，否则她将变成泡沫。因此她努力的让海斗去想出她的真正身份。 　　与此同时，露西亚知道有一群水妖已经入侵海上世界。她必须聚集七位美人鱼公主和她们的真珠，使得传说中的海洋女神阿克安·雷芝娜女神复活，并阻止水妖们的阴谋。为了这样，她与另外六位来到陆地的美人鱼公主波音、莉娜、香莲、诺爱儿、可可和沙罗联手，使用她们的珍珠变成歌唱偶像，以她们的歌声作为攻击武器去对付水妖。