“风之民”的末裔亚蒙是个具有不可思议力量的少年，但想要征服世界的布拉尼克却企图利用亚蒙的这种力量作为能源来制造大屠杀的武器——微粒子爆弹。在从布拉尼克手中逃跑时，亚蒙不慎落入深渊，这时他得到了“海之民”玛莉娅的帮助。亚蒙与玛莉娅决心一起来打倒布拉尼克，故事就从这里展开……

2000年7月にサンリオピューロランド、ハーモニーランドで上映された3DCG映画。 2009年10月3日には「とびだす! 3D東映アニメまつり」として再上映される。2010年2月21日には、本作を含む4作品セットのDVD『CG東映アニメまつり』が発売。立体映像ではなく通常映像での収録となる。

　　在大冒险01三年后，本宫大辅、井上京、火田伊织、一乘寺贤四个小朋友、与及01中拯救数码世界的八位小朋友一起进入数码世界进行冒险。

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ムーとの戦いから一年。ゲンキは現実社会の生活に戻り、毎日を過ごしていた。しかし、現実世界にモンスターファーム世界のような充実を感じることができず、日々モンスターファームへの世界に対する思いを募らせていた。 そんなある日、夕日の中モッチーらしい影を見たゲンキは、それを追って不思議な駄菓子屋へと迷い込む。誰もいないその店の奥に置いてあったのは、一台のゲーム機とモッチーが描かれたゲームディスク。それを起動したゲンキは、一年間モンスターファームの世界で何が起こったのかを知る。あれからホリィは一人で旅を始め、モッチーと再会していた。しかし、それからは仲間を見つけることも出来ていなかったが、旅の末に「ムーの円盤石」を発見する。それを見つけたワルモンの生き残りは、二人に襲い掛かる。 一度ロストして技を全て忘れてしまったモッチーが苦戦しているのを見たゲンキは、彼らを助けたいという思いをぶつけ、再びモンスターファームの世界へと吸い込まれ、モッチーやホリィと再会する。ワルモンを撃退したゲンキ達は、それからバラバラになった仲間達とも旅の末に合流を果たし、ムーの封印された円盤石を守りながら、ホリィの父親を復活させるために必要なガイア石を求め、レジェンド杯へと挑むため、様々な大会へ挑戦していく。

ゴミ捨て場に、幼いころにお気に入りだったクマのぬいぐるみ（以下、クマちゃん）が出されているのをたまたま見つけたのび太。つぎはぎだらけな上に今はボロボロのクマちゃんをのび太は持ち帰り、幼稚園児のときに死別したおばあちゃんがぬいぐるみを繕ってくれた事を懐かしむ。 クマちゃんを手に部屋でドラえもんにおばあちゃんとの思い出を話すのび太だったが、ふとタイムマシンを使えばおばあちゃんに会えると思いつく。しかしドラえもんは「未来から来たのび太だなんて、きっとどう言っても分かってもらえない」と良い顔をしない。 それでも会いたいのび太は「それじゃあ姿を見るだけ」とドラえもんに約束して二人で8年前に出発するが、到着した過去では、幼いのび太が秋も終わる時期だというのにおばあちゃんに花火をねだるというわがままを言って困らせていた。そんな幼かったのび太を見たとき、自分を責めた・・・「僕はわがままばっかり言ってた」。

22世纪的一天，邪恶的科学家阿奇莫夫将能量中心的能源胶囊盗走，导致全世界的电力设施停摆。所幸还有一个胶囊幸运地被保留了下来。 哆啦A梦七小子受命乘坐罗宾驾驶的蒸汽火车将这一个胶囊送到能源中心。可是沿途遇上了阿奇莫夫的重重阻挠……