致碧蓝航线以祝福—— “碧蓝航线”的少女们，击溃了自外界入侵的神秘之敌“塞壬”的强烈攻势。 然而，斗争世世代代都未曾改变。 就如同人类曾经夺取海洋霸权一般，由于理念上的差异“碧蓝航线”与“赤色中轴”成为对立阵营。 之后，时光流逝——

由“国家组织CIRS”新设的特殊技能训练校“美滨学园”…… 因各种原因失去归所的少女们被交付的是，枪与实弹。 使用手枪的玲奈、擅长狙击的桐花、炸弹与信息处理的克莉丝、负责谍报活动的忍者邑沙季。 她们每天都以SORD成员的身份，处理警察及自卫队无法解决的事件，不断进行着危险的活动。 K县U港——。准备入国的重要人士突然消失了。 SORD成员开始调查失踪事件，但每当即将捕获消失的“行李”时，就会在还差一点的时候被其逃脱。 与姊妹校“京船樱丘”的SORD成员双子姐妹并肩作战，以及争执。 以及——在夜晚的城镇中疾奔的神秘女骑手“Soul Speed”·真纪的传闻——。 追踪最终转变成壮烈的死战，将身心一并撕裂。 ……但这同时还是，通往玲奈她们相遇之前的过去的旅程。

风见雄二，救赎了美滨学园的五个少女的心灵。 但他的内心，依然阴云密布，难以解脱。 当雄二回顾自己一路走来的日子时， 是什么养育了自己，塑造了自己？ 在与种种事物的邂逅之中，得到了什么，又失去了什么？ 当度过这段无比黑暗，却又无可替代的时间之后， 雄二终将面对内心深处暗藏的，黑暗的真面目。

风见雄二，救赎了美滨学园的五个少女的心灵。 但他的内心，依然阴云密布，难以解脱。 当雄二回顾自己一路走来的日子时， 是什么养育了自己，塑造了自己？ 在与种种事物的邂逅之中，得到了什么，又失去了什么？ 当度过这段无比黑暗，却又无可替代的时间之后， 雄二终将面对内心深处暗藏的，黑暗的真面目。

——这样子好吗？ 那是成长于连1分1秒也无法宽恕的少年心中，重复了无数遍的疑问。 在给人一种仿如罪恶的感觉一般的平稳的生活中相遇的少女们，就像是看见了过去自己一样，刺痛着少年的心。 ——那个少女所发现的、活着的意义 无需伪装的、真正的自己—— ——拼命活下去是怎么一回事 被自己保护的一方变成了保护自己的一方—— ——活着是有意义的，真的是有意义的。 因为少年的干涉，少女们灰色的果树园再次染上颜色。 我们无法拥有永远。 但是，不放开已经抓住了的手还是办得到的吧。 这就是，一个少年隐藏在心里的一个决定——