故事的主人公藤原拓海是个普通的高中男生，拥有无与伦比的飞车天赋。从中一开始，每天早上驾驶那辆AE86在秋名山上飞驰，练成了华丽(注意：是华丽)的驾驶技术。必须注意，他的车技之所以高明，是有赖于每天凌晨必须将父亲做的豆腐送到秋名山山顶的饭店。无论刮风、下雨、下雪，五年间车技竟然突飞猛进。黑白颜色的AE86是一辆只有130匹马力的日本“国宝级”旧款跑车，但凭着藤原拓海超凡的技术和天分，先后击败同样是天才少年Red Sun车队的高桥启介；驾驶令人望而生畏的黑色R32的中里毅；采用死亡胶布赛(用胶布粘绑住右手，使方向盘无法扭到空手时的最大限度)战胜了NightKids的第二把交椅；更在秋名山的山道中击败Red Sun第一把交椅，驾驶着代表高贵的FC3S的高桥凉介。当然，拓海的成长不止这些，“他的技术就像艺术一样”，我们最熟悉的就是AE86那华丽的甩尾(汽车用语。指车疾速行驶时疾速拐弯，车轮横向滑动的状态。)以及排水道跑法。秋名山下坡最快的AE86神话正式开始。

《头文字D》的第二部着重突出拓海的成长，当然不乏激烈的挑战。最经典的要数赤诚和依吕波山路两位老大的比拼。年轻的拓海在爱情上触了礁，在输给帝王车队的lanEvo 3后，拓海遇到了人生的挫折，对自己和AE86产生了怀疑，AE86真的有足够的实力吗？AE86的重生来自拓海的爸爸文太，他为AE86改装了车用引擎。同时，拓海遇到了同样是AE86的强劲对手秋山涉。有意思的是比赛规则是在同一赛道两车来回追赶，直到其中之一能超越对方为止，既要技术又考耐力。胜利让拓海继续接受这辆AE86和重拾信心回到车手的生涯。