武士というものがまだ存在していた江戸の世——。 百人斬りと呼ばれた【不死身】の男がいた。 その男の名は「万次」。 万次は、父母を殺され復讐を誓う少女「凜」と出会う。 凜は万次に、復讐の旅の用心棒になってくれないかと言う。 初めは断る万次だが、凜に亡くした妹の面影を見た。 一人では危うい凜の姿に、仕方なく手を貸すことに決める。 しかし凜の仇は、剣の道を極めんとする集団——逸刀流。 それは、不死身の万次すら追いつめる凄絶な死闘の始まりを意味していた。

ムーとの戦いから一年。ゲンキは現実社会の生活に戻り、毎日を過ごしていた。しかし、現実世界にモンスターファーム世界のような充実を感じることができず、日々モンスターファームへの世界に対する思いを募らせていた。 そんなある日、夕日の中モッチーらしい影を見たゲンキは、それを追って不思議な駄菓子屋へと迷い込む。誰もいないその店の奥に置いてあったのは、一台のゲーム機とモッチーが描かれたゲームディスク。それを起動したゲンキは、一年間モンスターファームの世界で何が起こったのかを知る。あれからホリィは一人で旅を始め、モッチーと再会していた。しかし、それからは仲間を見つけることも出来ていなかったが、旅の末に「ムーの円盤石」を発見する。それを見つけたワルモンの生き残りは、二人に襲い掛かる。 一度ロストして技を全て忘れてしまったモッチーが苦戦しているのを見たゲンキは、彼らを助けたいという思いをぶつけ、再びモンスターファームの世界へと吸い込まれ、モッチーやホリィと再会する。ワルモンを撃退したゲンキ達は、それからバラバラになった仲間達とも旅の末に合流を果たし、ムーの封印された円盤石を守りながら、ホリィの父親を復活させるために必要なガイア石を求め、レジェンド杯へと挑むため、様々な大会へ挑戦していく。