雪が降り続く冬のある夜。ヒーロー社会を壊そうと目論む敵＜ヴィラン＞・死柄木弔たちが、密かに【何か】を運ぼうとしていた。彼らの動きを事前にキャッチしたプロヒーローたちが現場に駆け付け、激しい戦いを繰り広げる。その戦いの中、その【何か】は、仲間とともに去って行った。ちょうどその頃、出久たち雄英高校ヒーロー科1年A組の面々は、引退したNo.1ヒーロー・オールマイトの後を継ぐ“次世代のヒーロー育成プロジェクト”の一環として、クラス全員で期間限定の校外ヒーロー活動のために日本のはるか南に位置する離島・を訪れていた。ここしばらく大きな事件が全く起きていない平和な島で、駐在ヒーローとして島の人々の生活を助けながら、忙しく、それでいてのんびりとした時間を過ごしていたが、その静寂を切り裂くように、突如謎の敵＜ヴィラン＞たちが那歩島に襲来、次々と島の施設を破壊していく。それを指揮するのは、「ナイン」。出久、爆豪ら1年A組のメンバーは力を合わせて敵＜ヴィラン＞に立ち向かうが、ナインの圧倒的な“個性”と力は想像を遥かに超えるものだった。なぜ、ナインたちはを襲撃したのか？そして、出久たち1年A組の“ニューヒーロー”たちは、果たして最凶の敵＜ヴィラン＞から島の人々を守ることができるのか―！？
