我的妹妹哪有这么可爱。

哥哥高坂京介（17岁）和妹妹高坂桐乃（14岁）兄妹两人的关系近几年处于冷战状态。从某个时间点开始，桐乃看到哥哥时连打招呼都没有，只会用像是看到脏东西般的眼神瞪他。京介认为这种关系也会一直持续下去。

某天，京介在门口捡到从来没看过的魔法少女动画《星尘☆小魔女梅露露》的DVD盒子，里面竟然不是动画的DVD，而是成人游戏《和妹妹恋爱吧~》的光碟。京介在晚餐时用梅露露的话题试探谁是光碟的物主，但只得到父母充满偏见的否定意见。

就在那天晚上，连打招呼都不会的妹妹突然来到京介房间，并且说她有事情想要商量。原来桐乃迷上了萌系动画以及美少女游戏中的妹系角色，却都不敢告诉别人，只能一直闷在心里。被哥哥知道了自己的秘密后，从此开始了和哥哥之间的「人生咨询」。

平凡で穏やかな日々を過ごしていた男子高校生・高坂京介。だが、彼の日常は妹・桐乃の「人生相談」で急変する。人生勝ち組でリア充な桐乃は、実はアニメやゲームが大好きなオタク趣味の持ち主だったのだ。そんな桐乃の「人生相談」を真摯に受けとめる京介。そこに、SNSで知り合った黒猫や沙織バジーナ、桐乃の友達のあやせと加奈子、京介の幼馴染みの麻奈実と人々が加わり冷え切っていた兄妹関係に変化が訪れる。桐乃の突然の留学という事件を乗り越え今度はどんな「人生相談」がハプニングを巻き起こすのか?

Kirino is back from her trip to America, but the fun doesn't stop here! In the second season of Ore no Imouto ga Konnani Kawaii Wake ga Nai, Kyousuke continues to give Kirino life consultations. This time, romance lurks on the horizon for both siblings...