在未来世界，人类移民宇宙并成立了「宇宙行星联合」。为监察星球间的贸易和关税，以及打击相关犯罪，特别设立「银河商业关税组织」（Galactic Organization of Trade and Tariffs，简称GOTT）。 　　ES Member是「Encounter of Shadow work Member」的简称。拥有各种特殊能力的干员，通常由两人一组执行勤务，其特殊能力强弱依序分G、S、C等级。本作的两位主角，艾克莱尔和琉米艾尔就是从属于GOTT的ES Member。 　　失去部分记忆的主人公・艾克莱尔和拍档・琉米艾尔，在GOTT局长・艾克莉普丝的命令下，为守护银河住民的应有财产与权利而执行着特殊任务。随着故事的推进，艾克莱尔逐渐将记忆取回，同时，这也预示着一个将全银河都卷入的大事件的到来……

少年紅英司因收到失蹤已久的姊姊紅綾香的一封信，潛入神秘富豪葛萊因‧桑德曼居住的聖日耳曼城去尋找姊姊，卻不巧碰上對地球覬覦已久的外星異種前來襲擊，在桑德曼有計劃的引導下，紅英司便糊塗的與眾人一起乘坐機器人-超重神打敗了外星異種。 事後，紅英司為了找到失蹤姊姊而答應加入桑德曼為了對付外星異種而成立的地球戰騎隊。在一次次的危機中真相逐漸浮現，戴著面具的雷文以及桑德曼和莉露的真實身分將要呼之欲出，而外星異種要襲擊地球的原因也慢慢被揭露。

本作では舞台を2001年に移し、前作とはうって変わったリアリティあふれるストーリーが展開している。

根据SQUARE ENIX发售的游戏《最终幻想系列》制作的动画，但和《最终幻想系列》的其他作品没有任何关系。 住在新潟县佐渡岛冷清渔村的"小爱"和"小优"是一对双胞胎姐弟，他们的父母都是著名物理学家早川博士夫妇。他们知道在特定的时间黑暗之柱便会出现，于是着手调查，其后失去消息。小爱和小优为了寻找失踪的双亲，乘坐黑暗之柱内的地铁往异世界，在旅程中认识会使用气现术的"丽莎"及手持魔枪的"风"，展开一幕幕不寻常的故事......

剣道を極め、幻の剣術「飛天流」を正当に受け継ぐ女子高生武芸者(サムライガール)―御剣涼子(みつるぎりょうこ)。 大門高校に通う彼女は、ひょんなことから教師：南雲慶一郎(なぐもけいいちろう)に巻き込まれ、 仙術気功闘法「カムイ神威の拳」の使い手にして超高校級の問題児：草薙静馬(くさなぎしずま)ともども、異世界ソルバニアへ召還。 勇者としてモンスターと戦う羽目に。 すったもんだの末、命からがら現実世界に帰還するも、戦いはそれだけで終わりではなかったのだった。 静馬に勝負を挑む格闘集団の挑戦、マフィアのドンが南雲に放つ刺客達、そして異世界より襲来するモンスターの襲撃。 謎が謎を呼び、波乱は学園にも嵐を招くのだが・・・!？ 涼子の疾風怒濤の超時空格闘物語が、そして始まるのだった・・・。

不远的未来，一群变种的海洋生物与人类展开对抗，导致海平面上升，淹没了许多陆地。人类为了夺回赖以生存的土地，深入海洋寻找怪物巢穴，而“青之6号”就是人类寄予最后希望的一艘威力强大的潜水艇。