人类计划向プロメテ星移民，但是鼓吹选民主义的ドップラー総統却主张只有“优等人”才能移居该星，并用阴谋诡计破坏了第一次移民计划，参与该计划的宇航员一文字断鉄则背上了“叛徒”的骂名并人间蒸发。 　　10年后，一文字断鉄的儿子一文字タクマ作为新移民计划的宇航员候补而接受神秘假面男キャプテン ダン的严厉的训练。而此时ドップラー総統又带领他的爪牙前来妨碍……

　　考古学者・司馬遷次郎は、古代日本を支配した邪悪な国家「邪魔大王国（OPのルビによると「じゃまたいおうごく」であって「おうこく」ではない）」と「女王ヒミカ」の復活を察知したが、王国の放った「ハニワ幻人（げんじん）」の襲撃を受ける。優秀な科学者でもある彼は、死の間際、コンピュータに自身の意識と記憶を移し替える。一方、カーレースで大事故を起こしながら無傷であった息子・宙は、すでにサイボーグへと改造されていたことを父に告げられる。彼を頭部とする巨大ロボット「鋼鉄ジーグ」は、日本の支配をもくろむ邪魔大王国に立ち向かう。

　　悪の超能力者ヨミの陰謀を、最新科学装備のバビルの塔（本作品におけるバベルの塔）に住む超能力者バビル2世が三つのしもべを使って粉砕することは原作と同じ。これに加えてアニメ独自の事件が起きる。 　　原作との最大の違いは、主人公・浩一がバビル2世となったため、幼少時から10年間育ててもらった叔父母の古見一家と心ならずも別れたという設定である。浩一にほのかな恋心を抱く浩一の従姉妹（古見夫妻の娘）由美子が浩一を探すのだが、毎回、現場にたどり着く直前に、浩一は次の戦いに備えてその地を去る為に逢えない、というすれ違い描写が物語を盛り上げた。 　　第27話以降は舞台とサブキャラクターを一新。バビル2世は北海道のワタリ牧場の居候として平和な生活を営みながら、復活したヨミと戦うという展開となる。