琪琪是一个13岁的实习魔女。依家族惯例，琪琪是时候离开她的家，到一个新的城市去展开独立的新生活，修行成为正式的魔女。她用她妈妈的扫帚，带着她最亲的同伴黑猫吉吉出发去开展她的新生活。 琪琪迁入了美丽的海边城市コリコ (Korico)。起初她不能适应城市的生活节奏，后来在面包店的女东主索娜的帮助下，琪琪利用她用扫帚飞行的特长，开了一家速递公司（宅急便）。琪琪经历过一些挫折，诸如过了约定送货时间，送错物品，粗鲁的客人等。她也必须独自处理她的孤独，忧虑，以及思乡情绪。 有一天，她甚至因为一场重病失去了法力。最终琪琪在她的新朋友，特别是一位年轻画家娥苏拉的帮助下，克服了这些障碍。在一次飞船的意外里，琪琪为了拯救她的朋友蜻蜓，在千钧一发之际重新获得了飞行的能力，拯救了他。

本片是對日本鄉村生活的迷人及節奏緩慢的描繪。故事背景設定於1958年（昭和33年），一位大學教授和他的兩個女兒搬進一個森林附近的一所舊房子，因為他的妻子染上了結核病，在附近的一所醫院康復中。他的女兒們發現了「煤炭屎」，她們又名「煤炭屎鬼」。 次子追趕一隻小龍貓，牠引領了她去找到森林守護者「龍貓」。次子被牠們迷住了，並且下定決心去尋找大龍貓。一個下雨的晚上，當女孩們在等爸爸時，她們遇到了一個，用樹葉擋雨的大龍貓。當次子想把一個成熟的玉米帶給住在醫院的媽媽時，但迷了路，草子到處尋找她，最後去找大龍貓幫忙。並且在牠的幫助下，梅被迅速找到了。龍貓召喚而來的貓公車，接送草子和次子穿過鄉間，到醫院探望她們的媽媽。

　　在过去的历史之中，传说着曾有人类以高科技创造了可飞行于天空的城市——拉普达。虽多数认为这是虚构幻想出来的事物，但仍有相信飞行城市存在而试图寻找出的人们。 　　某一日晚上，搭载众多旅客的飞行客船突遭到空中海盗团的袭击和入侵，空中海盗的目标是搭乘飞行船的一位名叫希达的少女身上所携带与飞行城市传说相关的物品“飞行石”。 　　巴斯与希达为了抢回飞行石并阻止罗穆斯卡的企图，于是搭上了朵拉一族的飞行船一同前往拉普达——传说的天空之城。