《魔法騎士》故事以獅堂光、龍咲海、鳳凰寺風三位女孩作為主角，就讀不同學校的她們，某次在共同的校外教學地點─東京鐵塔的展望台上，被一股奇異的力量召喚到了異世界「塞費羅」。等待三位少女到來的導師克雷夫，告知了塞費羅正面臨毀滅的危機，她們三人則是被艾梅洛德公主召喚至此，三人必須打敗抓走公主的神官、救出公主才能拯救塞費羅並返回東京。

本故事发生在西元1982年，从宇宙上飞来了六个神秘光芒，一一地飞到地球上。这六个神秘光芒将是一群拯救地球的新希望，六个守护机器人，也是主角明神武(Mars)的故事起源，他的故乡居然是侵略全宇宙的邪恶帝王族鲁的驻扎之地吉森星；其实明神武的父亲早就看不惯族鲁的邪恶作风，就在命令他制造第六个机器人，也就是主角的使用机盖亚(Gaia)，然后将刚出生的明神武放到宇宙保温舱中，准备向地球来颗超级炸弹的时候，之前制造好的五个守护机器人，就是为了防止吉森星的悲剧落在地球身上，才趁盖亚与宇宙保温舱中的婴儿明神武(Mars)发射出去时，他们也跟着起动，准备飞向地球。 就这样，六个守护机器人终于到了地球，机器人的神力化为六个守护神像分别藏在地球上的六个区域中，准备展开对族鲁的反击。 17年后，明神武(Mars)长大成人，受李将军委托，成为地球防卫队Crasher的成员；但与此同时，族鲁居然出现在他梦中，要他毁灭地球。当然，他非常强烈拒绝这种无理的要求，于是之后才会与吉森星的侵略者为敌，明神武(Mars)身旁的人们刚开始并不知道明神武居然是吉森星的人，后来才被发现；于是明神武要为大家证明，他爱地球以及地球上的任何人，绝不容许吉森星的侵略者以及族鲁破坏这美好的一切。因此这六个守护机器人与明神武要决定结合正义的力量，合体成为最强的地球守护神“六神合体GODMARS”(雷霆王)来彻底保护地球，揭开这场地球防卫战的精采序幕。