永远的“6时59分”开始了—— 在佑河家有着代代相传的止界术，使用止界术，能够进入森罗万象尽数停止的“止界”。某天，主人公树里的外甥和哥哥，被诱拐犯绑架了。她为了救出他们而不得已使用了“止界术”，却遭到不应存在于那里的、除自己以外的“会动的”人类袭击。他们是尊崇止界术的「真纯实爱会」。围绕着使用止界术时所必需的“石头”，止界之谜、佑河家之谜逐渐浮出水面……

9.11以降、テロとの戦いを経験した先進諸国は、自由と引き換えに徹底的なセキュリティ管理体制に移行することを選択し、その恐怖を一掃。一方で後進諸国では内戦や大規模虐殺が急激に増加。世界は大きく二分されつつあった。 クラヴィス・シェパード大尉率いるアメリカ情報軍特殊検索群i分遣隊は、暗殺を請け負う唯一の部隊。戦闘に適した心理状態を維持するための医療措置として「感情適応調整」「痛覚マスキング」等を施し、更には暗殺対象の心理チャートを読み込んで瞬時の対応を可能にする精鋭チームとして世界各地で紛争の首謀者暗殺ミッションに従事していた。 　そんな中、浮かび上がる一人の名前。ジョン・ポール。数々のミッションで暗殺対象リストに名前が掲載される謎のアメリカ人言語学者だ。彼が訪れた国では必ず混沌の兆しが見られ、そして半年も待たずに内戦、大量虐殺が始まる。そしてジョンは忽然と姿を消すという。彼が、世界各地で虐殺の種をばら撒いているのだとしたら……。 クラヴィスらは、ジョンが最後に目撃されたというプラハで潜入捜査を開始。ジョンが接触したとされる元教え子ルツィアに近づき、彼の糸口を探ろうとする。ルツィアからジョンの面影を聞くにつれ、次第にルツィアに惹かれていくクラヴィス。母国アメリカを敵に回し、追跡を逃れ続けている「虐殺の王」ジョン・ポールの目的は一体何なのか。ついに対峙の瞬間、クラヴィスはジョンから「虐殺を引き起こす器官」の真実を聞かされることになる。