每个人的心里都蕴藏着一个理想中的自己，守护甜心以这样的想像为主轴，叙述每个孩子心中都隐藏着一颗称为心灵之蛋的神奇之蛋，里面孕育著理想中自己的可能性。 就读圣夜学园小学五年级的主角日奈森亚梦是别人眼中的酷女孩，大家总是以“Cool & Spicy（又酷又火辣）”来形容亚梦，但事实上亚梦只是个不擅长表达和内向的普通女孩，却受到外在形象的束缚无法表现出真正的自己。 就在亚梦的祈祷下，亚梦心中的心灵之蛋出现了。并且孕育出了亚梦理想中自己的缩影 ─ 守护甜心。 同时，圣夜学园里一群称为“守护者”的学生会是全校的偶像，但原来，这群风云人物其实是由一群拥有守护甜心的学生组成，他们虽然看起来完美无瑕，但其实也想要变成理想中的自己，想要改变自己。 在发现亚梦也拥有守护甜心之后，他们便开始邀请亚梦加入他们。原来，守护者们同时也在找寻一颗能实现任何愿望，名为胚胎的魔法蛋，但同时，一家名为复活社的集团也正在寻找胚胎，并且为了寻找胚胎，不惜运用腐化人的心灵之蛋的方法，让人失去勇气和信心，将人的心灵之蛋因为被主人自我放弃而成为“坏蛋”。 亚梦及守护者们努力对抗著复活社及帮助失去勇气的人重拾信心，并且寻找著胚胎，旅程中也渐渐找到了真实的自我……

幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。 在那之后数年，理树作为Little Busters的一员，喧闹地过着快乐的每一天。 这样的时间能够一直持续就好了。理树所期望的只有这样。 某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍， 理树则开始了寻找成员的任务。 在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们。 和大家一起参加试胆大会，潜入女生宿舍时被换上女装，一起演人偶剧……。 经历了许多快乐的事情， 同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。 最后在棒球比赛中，理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。 ——然而，这并不是结束。 和来谷唯湖之间的故事。 理树与铃的故事。 以及，理树和铃终于知晓的“世界的秘密”。 Little Busters真正的物语，自此开始——。