在某个距离地球非常遥远的星球上，有一个充满笑容的王国。十二岁的公主优希，正步入多愁善感的年纪。每天哭泣、欢笑、时而心动…？的同时，在王宫中快乐地度日。她忠实的家臣们，为她的每一天点缀色彩。负责教育的蕾拉、辅佐政务的伊札娜、骑士团长哈罗德以及……青梅竹马的亲随·约修亚。“优希！只要有气势和毅力，就什么都能做得到！”“……真是的。又是那个～！？约修亚，你得更像个贵族的样子！”十七岁的斯黛拉，是位能干又冷静的军人。无论何时都不会失去微笑……因为笑容是生存下去所不可缺少的。这是在遥远星球上的两名少女的故事。

2015年。示巴所观测到的未来领域毫无前兆地消失。根据计算，发现——不，是证明了人类将于2017年灭绝。人理延续保障机构·迦勒底将“无法观测的领域”假定为人类灭绝的原因，决定执行尚处于试验阶段的第六实验。那就是回到过去的时间旅行。将术者灵子化送往过去，通过介入事象，寻找出时空奇点，究明真相或予以破坏的禁断的仪式。其名为圣杯探索——冠位指定（Grand Order）。

幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。 在那之后数年，理树作为Little Busters的一员，喧闹地过着快乐的每一天。 这样的时间能够一直持续就好了。理树所期望的只有这样。 某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍， 理树则开始了寻找成员的任务。 在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们。 和大家一起参加试胆大会，潜入女生宿舍时被换上女装，一起演人偶剧……。 经历了许多快乐的事情， 同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。 最后在棒球比赛中，理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。 ——然而，这并不是结束。 和来谷唯湖之间的故事。 理树与铃的故事。 以及，理树和铃终于知晓的“世界的秘密”。 Little Busters真正的物语，自此开始——。