人間と文明が滅びかかっている遠い未来の地球で、くるみ、サキ、カリンカ、エクセリアの4人の人間の少女が共同生活をしていた。ある日くるみは道人という少年と恋に落ちる。そしてメールのやり取りなどでくるみと道人の付き合いが始まっていく。

時は現代。神主の娘である神維那己は、幼馴染で友人の皇うるかとともに神社の倉庫から続く隠し地下通路を偶然発見する。そして、そこで迷っているうちに、偶然鋼鉄天使くるみ2式を発見し、起動させてしまう。くるみ2式は改良型の鋼鉄天使として未来から送られてきたものであった。そして彼女らのドタバタに満ちた学園生活が始まる。

　　Disc.1　『メーテルレジェンド　交響詩　宿命～第一楽章～』 　　1000年周期の軌道を外れ、暗黒太陽にいずれ飲み込まれる運命にある惑星ラーメタル。ラーメタルの美しき1000年女王ラー・アンドロメダ プロメシュームは、飢えと寒さから民を救うために、天才科学者ハードギアの人類機械化計画を認めざるを得なくなってしまう。が、強制的に進められる人類の機械化に対し、反感を抱く者達もいた。その中には女王プロメシュームの双児の娘である姉エメラルダスと妹メーテルもいた。美しき姉妹は、この機械化計画の恐るべき裏側に気付き始めていた…。 　　Disc.2　『メーテルレジェンド　交響詩　宿命～第二楽章～』 　　人も大地もそのほとんどを機械化してしまった惑星ラーメタル。生き残った僅かな生身の人間達も機械化人達によって、次々と捕らえられ機械化されていった…。機械化された女王ラー・アンドロメダ プロメシュームは、自らの心が完全に機械になる前に、愛しき二人の娘メーテルとエメラルダスをラーメタルから脱出させようと無限軌道から“銀河鉄道999”を召喚しようとしていた。一方、破壊されたはずの宿敵ハードギアが復活!!　姉妹は再び窮地に立たされた…。。