我们一起迈开了脚步… 在这长长的…长长的坡道上… 家族……被我拒绝的地方： CLANNAD的男主角——冈崎朋也，是一个拒绝与家人交流、不愿留在家里的人。在他幼年时，母亲因故去世……父亲因此整日借酒消愁，原本应该相依为命的两人，却因为不愿去理解对方的痛苦而互相疏远，生活渐渐颓废下来。最终在他初中时，因为一次家庭暴力，而使得父子俩的关系落到了谷底。从此以后，朋也与父亲行同陌路，两人的关系似乎只能在血缘和法律上得以维持。他每天去上学，但无论是上课还是课余都只是魂不守舍地发呆，终日得过且过地继续着学生生涯。他不参加任何社团活动，也没有深交的朋友，连唯一能和他亲密说话、每晚“收留”他的“朋友”——春原阳平，也无法触及到他心中冰冻的部分……互不干涉对方深藏的心底的痛苦，这是保证他们两人能继续同来同往的底线。岁月无情地流逝，那在朋也身边仿佛停滞了的时间，也即将迎来终结……就在那长长的坡道之下。

某个国家的公主阿莱帝，为了迎接勇士的迎娶而被关在城堡的高搭上。虽然每天都望着窗外枯燥无味的景色，但内心却体味到在这些千篇一律的景色下人生的多姿多彩。 不知道从何时起，阿莱帝就顺着高塔里的密道到了市集，并尝试着接触各样新鲜事物。不久后，求婚者们带着魔法宝物凯旋归来，这使得大臣们欣喜异常，而阿莱帝只对一本记载了魔法王国历史的书感兴趣。

時は現代。神主の娘である神維那己は、幼馴染で友人の皇うるかとともに神社の倉庫から続く隠し地下通路を偶然発見する。そして、そこで迷っているうちに、偶然鋼鉄天使くるみ2式を発見し、起動させてしまう。くるみ2式は改良型の鋼鉄天使として未来から送られてきたものであった。そして彼女らのドタバタに満ちた学園生活が始まる。

一对幸福的恋人，被一场意外拆散······达特·金城虽然幸存下来，但却并没有忘记一切。 另一方面，失去所有亲人后的哈蒂与佛兰克一起被收留在委内拉尔······而龙·索玛也与他们相遇了······ 在与外星人的战斗中，龙·索玛为了不让大家受伤而被迫数次帮助佛兰克，内心的不平衡颠倒了龙的情绪······但在哈蒂单纯的眼中，龙已经从一个坏妖精变成好妖精了。 人类究竟为何而战？随着进入巡礼之地的佛兰克意识的恢复，真相也终于被揭开······为了与妻子再见的尤里·列欧洛夫最后失望地沉睡了······ 毁灭的时刻，在觉醒的人们的战斗下，佛兰克再次睁开眼睛，为了纠正自己分身铸下的错误而飞向了太空······ 之后，就是和平的6年······灾难似乎要降临了，人类再次向太空迈步，因为这次，是自己保护自己了。

公元2195年，谜一般的兵器群“木星蜥蜴”突然出现，并以压倒性的战斗力占领了火星的殖民地以及月球的背面。地球的各地均有被称为“郁金香”的母舰降落。与此同时，民间企业ネルガル重工‎NERGAL完成了实验战舰ND-001ナデシコNadesico的建设。 即使是对着木星蜥蜴的兵器，装备在抚子号上的兵器依然具有技术上的优势，包括扭曲力场 (Distortion Field) 防护罩以及重力波炮，使得抚子号成为了当时唯一能与木星蜥蜴抗衡的战舰。在人员的任命上，由于采取了“能力一流，不问性格”的选拔方针，结果使得整艘舰的工作人员都是些有点“特殊性格”的人。 火星出生的主角天河明人，在一次偶然的机会遇见了儿时玩伴御统百合香。想再次与百合香相会的明人，一直跟在她的后面，并意外地登上了准备出港的ナデシコNadesico。其后明人虽然被聘请为ナデシコNadesico的厨师，但却发生了一些意外，使得明人要驾驶舰载的机动兵器艾斯特巴利斯 (Aestivalis) 进行战斗…… 本故事就讲述一班在ナデシコNadesico上的成员的经历，他们一方面和木星蜥蜴作战，另一方面又要在地球政府吞并的压力下力求独立自主，而他们随着不断的战斗，渐渐揭开隐藏在背后的惊人事实真相......