ある日、黒船が天（そら）から降ってきた――。 One day, a black ship fell from the sky... “刻（とき）を渡る力”のある伝説の秘宝“時辰儀（じしんぎ）”をめぐって京の都で繰り広げられた“スサノオ事変”は、仮面の将軍・“無限斎（むげんさい）”こと吉田松陰の死をもって終結した。 「俺達にはまだやるべき事がある」故郷の萩にて、かつての師・松陰先生の墓参りを終えた高杉晋作と相棒の桂小五郎は、再び京の都に戻ってきた。師の教えを守らんとひた走る高杉の隣に、いつになく遠い目をする桂の姿……。 その時、砲音とともに空が割れ、“時空の裂け目”から、破壊したはずの時辰儀が出現。“意思”を持ち始めた時辰儀が、制御不能の暴走を開始する!! さらに因縁の好敵手として立ちはだかるのは、先の戦で副長・土方歳三を失った新撰組!!局長・近藤勇が口にしたのはなんと、新たな“無限斎”の存在だった――。 戻すのか、変えるのか。 高杉「必ず、正しき刻の流れに戻してみせる」 桂「ずっと、おまえに言えなかったことがある」 やり直しの利かない運命（アンリセッタブル・クライシス）に翻弄され、志士たちの新たな物語が動き出す!!

次元高校に通う白山純平は、校庭である石を拾う。緑ヶ丘流星、黄川田 剛、水上ゆりおらと、教師・桃谷総司が行う補習を受けていると、拾った石が勝手に動き出し……しゃべり始めた！ 「君たちこそ、予言の勇者だ！　破壊の魔神を退治してほしい」 ―スプーディオ22世と名乗る謎の石のあまりに現実離れした発言に5人はついていけない。しびれを切らしたスプーディオが突然発光！目を覚ますとそこはアニメの世界だった―!? さらに、突如現れたスフィンクスによって、謎解きを強いられることに……。 果たして、5人は3次元の世界に戻ることができるのか!?

时间是幕末时期。对日本的未来担忧，怀着各自信念勇往直前的志士们点燃灵魂的时代。 长州的风云人物高杉晋作，和他的搭档桂小五郎一起潜入了德川庆喜率领的幕府海军船上。他们的目标是拥有“操纵时间的力量”的传说中的神秘宝物“时辰仪”。听闻其他幕府要将这个力量取为己有，高杉说到“这样做法真是无聊！”，并企图破坏时辰仪。 高杉一度获取了时辰仪，但马上又被不知何方神圣的人夺去，为此追赶至庆喜的京城。然而，他在那里看到的是以异样的姿态君临的“巨城须佐之男”。街道与自己所知道的截然不同，高杉也对民众的样子感到困惑。那是假面将军无限斋统治下的“另一个幕末”。 真相想守护的东西，即使超越了时间也不会改变—— 描述拥有炽热之心的男子们的全力感受生活的故事，现在拉开帷幕！