警笛尖锐的鸣叫……警察和记者在黑暗的夜晚飞速的奔跑……雕刻着天使的塔顶上出现了两个背上长着翅膀的人影在激烈的战斗。 拥有恶魔翅膀的怪盗Dark和拥有天使翅膀的Krad拼尽一般在塔内激战，Krad在Dark的事先预谋下被打进了具有封锁力量的黑耀石。当指针指到12点正的时刻，Dark将Krad封印在黑耀石里面。然而，Krad和Dark是同一个人的不同两面，当Krad被封印的同时，Dark也被同时封印。 40年之后，在爷爷和妈妈的努力下，被封印了Dark在14岁的丹羽大助身上觉醒。其觉醒的关键既然是大助喜欢的女生----原田梨纱的照片。睽违了40年之久的传说中的大怪盗Dark重现江湖…… 由于一次意外的发现，大助的同班同学日渡怜发现大助奇怪的能力，能解开精心设定过的密码，因而注意到大助，他怀疑大助就是重现江湖的怪盗Dark的宿主。而且他之所以会怀疑还有另外一个原因~~~ 传说中的怪盗的故事就这样展开了，到底大助是如何变身成Dark去执行任务却又不被发现呢？同学日渡怜的真实身份是什么？他为何绞尽脑汁要逮住怪盗Dark呢？ 让我们去揭开一切的真相吧……

描述距离现今不远的近未来世界，世界到处都可以看到异形，人们一点也不觉得稀奇，在小学里面只要升到了六年级就有可能成为“异形应变小组”的成员。 而这届被选为“异形应变小组”的是大谷由莉、川村久美以及远峰霞这三个女生。而“异形应变小组”成员，各自以共生型异形－宝咕为搭档，将入侵学校的各种异形加以击退与捕捉。本来以为就只是这样而已... 其背后其实隐藏了非常巨大的阴谋。