北海道、函館。 ヨーロッパと日本文化が融合した、 華やかな建物が並ぶ街―― この街で僕たちは出会い、ぶつかりあい、 そして輝く大ステージへと運命の船を漕ぎ出していく。 やがてこの歌が運命だったと気づく。

リリスが、危ない――。 トリニティセブン史上、最も危険な魔王到来！ 世界を崩壊させるという“魔王因子”を持つ魔王候補・春日アラタは、 トリニティセブンの一人である浅見リリスらと共に、とある遺跡の調査を行っていた。 すると突如、天空よりまばゆい光が降り注ぐ。 現れたのは、アラタにそっくりな謎のフード姿の男。 魔王としての力を取り戻し、世界を無に還すことを目論む彼から告げられた衝撃の真実― リリスは最強魔王の娘だった…！？ 魔王候補vs最強魔王。 アラタを襲う、「トリニティセブン」史上・過去最大のピンチが訪れる―。

位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。 高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于寄宿在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手（Imagine Breaker）”，而得到吊车尾的“无能力”的评价，过着充满不幸的人生。 而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的少女——“禁书目录（茵蒂克丝）”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件当中。在惊险地解决了统率学园都市的“科学”侧和与茵蒂克丝关联的“魔法”侧双方的事件过程中，他的人际关系也逐步扩展。随后，魔法侧的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到了上条的存在……。 就像是在呼应魔法侧一样，科学侧的学园都市也开始了行动。但是，为了与突然开始对立的世界变化相抗争，那些因为上条的关系，而使命运大为改变的“英雄”们不断地出现。 就像上条当麻做过的那样，他们也挺身而出与世界对峙。 科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！

22世纪的一天，邪恶的科学家阿奇莫夫将能量中心的能源胶囊盗走，导致全世界的电力设施停摆。所幸还有一个胶囊幸运地被保留了下来。 哆啦A梦七小子受命乘坐罗宾驾驶的蒸汽火车将这一个胶囊送到能源中心。可是沿途遇上了阿奇莫夫的重重阻挠……