在水族馆工作的18岁女高中生·海咲野空琉，与在东京失去了自己的位置、因而逃走的前偶像宫泽风花相遇了。空琉和风花将各自的想法埋藏于心、在水族馆中度过了一段时光。 但是，在那个重要的地方，闭馆的危机正在迫近。 少女们的梦想与现实，孤独与朋友，羁绊与纠结—— 将会在这个夏天展开闪耀的新篇章。

故事起始于数十年后的长崎。 日常生活中残留着些许魔法的不可思议的世界。 主人公月白瞳美，17岁，魔法使一族的末裔。自幼失去色觉的她，是个缺乏感情的女孩。 她的祖母，大魔法使琥珀对瞳美的未来感到担忧，于是使用魔法将她送回了2018年。 突然来到了一无所知的地方，瞳美所看到的世界变得鲜艳多彩起来……。

就读凤城学园的15岁少女泉水子，自少便在熊野古道的玉仓神社之中长大。泉水子是名颇害羞的少女，而且所有给她触碰到的电子产品也必定损坏。当她想到想离开这熊野古道并往城巿里居住的时候，她的监护人雪政却建议她往东京的鳯城学园就读，并逼他的儿子深行与泉水子同行，以便照顾她。起初，泉水子与深行也互相讨厌大家，但当一件怪异的事件发生在今年以「战国时代」为主题的学园祭上，他们的关系便产生变化。在这事件中，泉水子得知她是姬神的最后一名依代，而深行则是泉水子的山伏守护者。作为姬神的最后一名依代，作为濒临灭絶的姬神依代，泉水子与深行将展开改变世界的事件。

“风之民”的末裔亚蒙是个具有不可思议力量的少年，但想要征服世界的布拉尼克却企图利用亚蒙的这种力量作为能源来制造大屠杀的武器——微粒子爆弹。在从布拉尼克手中逃跑时，亚蒙不慎落入深渊，这时他得到了“海之民”玛莉娅的帮助。亚蒙与玛莉娅决心一起来打倒布拉尼克，故事就从这里展开……