神の力を以ってして、 神そのものを討ち斃さんとした原初のヒトガタ、アダム・ヴァイスハウプトは、 サンジェルマンたちの理想の源パワーソースである ラピス・フィロソフィカスにて黄金錬成されたシンフォギアによって撃槍される。 暗躍してきたパヴァリア光明結社はここに瓦解し、 その残党は、各国機関の活躍によって追い詰められていくのであった。 そして―― 追い詰められているのはパヴァリア光明結社だけではない。 かつての超大国アメリカもまた、 日本に向けた反応兵器の発射事実を非難・追及され、国際社会からの孤立を招いていた。 閉塞した状況は、新たな世界規模闘争の火種にもなりかねないため、 速やかなる政治的解決が望まれているが、 複雑に絡む国家間の思惑は軋みをあげるばかりで、遅々として進んでいない。 当該国である日本も、 アメリカとの協調政策を打ち出して関係修復をアピールしているものの、 どこかうすら寒い表面的なムードに終始して、局面打開には至っていない。 いまだ見えない世界の行く末。 さらに、張りつめた空気はここにも。 都内ランドマーク各所が一望できる、 デートスポットとしても人気の大観覧車のゴンドラに乗っているのは、 私立リディアン音楽院に通う高校生、立花 響と小日向 未来。 ふたりが手にした鯛焼きは白玉入りであり、絶品。 甘すぎず、まるでぜんざいもかくやという口当たりの餡は申し分が無かった。 それでも、ふたりの間に緊張が走るのは、 何の気なしに未来が響に発した、問い掛けに始まるものであった。 返答に窮した響の胸の奥にあるものは、果たして。 過去から現在に向けて紡がれたいくつもの物語は、ＸＶに集束していく。 聖骸を巡る攻防は、どこまでも真夏の只中。 はじける湖面を舞台に、少女たちの歌声が輝きを放つ。

突然出现在的神祕飞翔体“灾”，压倒了人类的航空战力。 为了与之对抗而开发的，便是对现有机体进行改造，被称为“子体”的兵器。负责操控的则是名为“阿尼玛”的操纵机构。它──竟拥有少女的外表。 与鸣谷慧相遇的是闪耀鲜红光辉的战斗机，以及驾驶它的阿尼玛·格里芬。 作为人类王牌的少女，还有一心向往天空的少年，两人的故事就此展开。

座落在京都一条冷清街道的居酒屋「阿信」，不知为何店家正门竟与异世界相连。 如此这般，老板矢泽信之与服务生千家忍开始在异世界的古都阿伊特力亚经营这家居酒屋。 卫兵、工匠、商人、贵族...无论是谁都能轻松地在此小酌一番。 这样的居酒屋「阿信」，今天一如往常开店营业。